Sur une fonction particulière effectue par un contractuel travaillant dans un greta  
dans la mesure ou l'indemnité a eté vote par le conseil d'administration l'Agent comptable peut t-il payer ?

A l'appui de quel fondement juridique pourrait t-on se baser pour payer une indemnité à un contractuel.

La règle de base... pas d'indemnité sans texte !
La délibération du CA ne suffit pas à payer une indemnité. Elle doit s'appuyer sur le texte créant l'indemnité et autorisant son versement à un personnel contractuel.