perso, je ne me risquerais pas à critiquer le choix qui a été fait de rembourser l'élève, car on ne sait finalement pas grand chose de ce concours et rien ne nous dit que la dépense, appréciée in concreto, ne relève effectivement pas de l'EPLE.
En revanche, il ne me semble pas que l'on puisse considérer l'élève comme un personnel et lui appliquer le décret du 3 juillet 2006.
Sauf à ce qu'il existe un texte spécifique à ton cas (ce que je ne crois pas, mais je il faudrait vérifier), je ne pense pas que tu puisses couper au passage en CA. Tu pourras en profiter pour fixer le tarif!