Marchés publics et consensualisme ne sont pas antinomiques :
Par un arrêt en date du 26 mars 2010, le Conseil d’État a jugé que dans le cadre de l’exécution d’un marché public, « il est toujours loisible aux parties de s’accorder, même sans formaliser cet accord par un avenant, pour déroger aux stipulations du contrat initial, y compris en ce qui concerne les pénalités de retard ».
En l’espèce, une commune avait accordé plusieurs reports successifs de délais à la société chargée de la construction d’un musée de la carte à jouer alors que le marché prévoyait des pénalités en cas de retard. Selon le Conseil d’État, c’est à bon droit que la cour d’appel de Paris a jugé que « la commune devait être réputée avoir renoncé à lui infliger des pénalités de retard ».
Cet arrêt est l’occasion de se souvenir que les marchés publics ne sont pas que des procédures mais avant tout des contrats et qu’à ce titre, le consensualisme a toujours son rôle à jouer. À condition toutefois que l’accord ultérieur ne modifie pas les conditions initiales de mise en concurrence.
Voir :
CE, 26 mars 2010, Commune d’Issy-les-Moulineaux, n° 308676

C'est la même exigence que dans l'arrêt du CE Commune de Béziers, eu égard à l'exigence de loyauté des relations contractuelles .
L'on assiste à une renaissance du consensualisme.

En même temps, il ne faut pas oublier qu'en cas de manquements du titulaire et même sil il y a une marge de manoeuvre et la possibilité d'être compréhensif, la personne publique doit appliquer les pénalités ou elle pourrait se le faire reprocher.
Je n'ai pas d'exemple de décision de justice sous la main, cela dit.