Changement de quotité rétroacatif d'un CDD

Que pensez-vous du cas suivant :
 
Un professeur contractuel CDD d'un CFA d'EPLE, à temps partiel (50%) a vu son contrat renouvelé dans les mêmes conditions du 1er sept 2010 au 31 août 2011. Acte passé en CA de juin 2010.
 
Mais dès le mois de septembre, le CFA a eu besoin de faire appel à lui à plein temps. Et aujourd'hui l'ordonnateur du CFA veut régulariser la situation en faisant voter au CA de fin novembre un avenant au contrat qui passe la quotité à 100 % avec effet rétroactif au 1er septembre.
 
Suffit-il que cet acte passe le contrôle de légalité pour que l'agent comptable soit couvert ?

Sur la possibilité pour l'agent comptable de prendre en charge l'avenant, je le ferais sans (trop) m'inquiéter.