Un établissemnt rattaché me demande s'il est légal pour un fournisseur de majorer ses factures de 5% pour frais de gestion et de trésorerie ( ce qui est stipulé dans leurs conditions d'ouverture de compte ) en raison du délai de paiement par virement.

Oui, c'est contractuel, donc c'est légal. Suffit de changer de fournisseur pour régler le problème.

On pourrait envisager aussi que le bon de commande (le MAPA) de l'EPLE stipule ses propres conditions (franco de port, pas de frais de gestion...). Dans ce cas si la société accepte le bon, ce seront les conditions de l'EPLE qui s'appliqueront.
Attention également si cette facture fait suite à un groupement d'achat ou à un marché avec cahier des charges. Dans ce cas c'est l'EPLE qui impose ses conditions figurant dans les documents.