Grosse différence : les antennes départementales des IUFM n'ont pas la personnalité juridique, d'autant moins que les IUFM ne l'ont plus non plus (antérieurement, ils étaient établissements publics administratifs).
Les EPLE ont la personnalité juridique avec toutes les instances qui vont avec (conseil d'administration, commission permanente...).
Donc, ce qui change par rapport au gestionnaires d'EPLE, c'est que la hiérarchie est aux services centraux de l'IUFM, voire à l'université, et que vous faites partie d'une structure nettement plus étoffée.
Cela dit, le boulot ressemble à celui de gestionnaire (non comptable) par bien des aspects - commandes, mandatements, gestion des agents, sécurité des bâtiments, parfois restauration - mais avec des logiciels qui peuvent être différents et des textes qui le sont de plus en plus (décentralisation des TOS des EPLE, pas de ceux des IUFM).
Mais comme les deux types d'institutions bougent beaucoup, je crois que les différences entre ces métiers vont se creuser...