Non, puisque la réglementation prévoit que les EPLE ne sont pas assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée pour leur activité principale ; c'est l’article 256 B du code général des impôts : "Les personnes morales de droit public ne sont pas assujetties à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) pour l'activité de leurs services administratifs, sociaux, éducatifs, culturels et sportifs lorsque leur non-assujettissement n'entraîne pas de distorsions dans les conditions de la concurrence."
Il faudrait que l'EPLE ait une activité annexe sans rapport avec sa mission éducative (et je ne vois pas trop comment cela pourrait être possible eu égard au principe de spécialité). Dans ce cas-là, cette activité industrielle et/ou commerciale entraînerait l'assujettissement ; les mécanismes sont décrits dans la M 9.9, aux pages 207 à 210.