Si c'est bien ta question, pour être exécutoire au sens strict, le budget doit être notifié à l'EPLE, comme toute décision individuelle. La notification au CE, chargé de son exécution, suffit à mon sens. Par ailleurs c'est un acte public, donc toute personne peut demander à en prendre connaissance.
Il est souhaitable que la décision des autorités de contrôle ou du préfet fasse l'objet d'un affichage, ne serait-ce qu'à titre pédagogique.
Attention aussi aux délais de recours, qui ne commencent à courir pour les tiers qu'à publication (pour faire simple).