le numéro d'inventaire (Mandat au ZD) doit-il figurer sur la facture et l'agent comptable peut-il l'imposer afin de s'assurer qu'en fin d'année l'état de l'actif concorde avec la classe 2?

Je ne crois pas que le décret sur les PJ prévoit cela dans son immense bonté.
Et même si cela était, en quoi cela garantirait il la concordance de l'actif avec la classe 2?

Je croyais que la tenue de l'inventaire était du ressort de l'agent comptable ?

Dans mon agence, les logiciels d'inventaire sont tous implantés dans les établissements rattachés. C'est quand même beaucoup plus pratique pour la numérotation des matériels, leur localisation et ensuite leur sortie. Mais c'est vrai je ne me suis jamais posé la question.

Il est responsable du suivi comme pour les stocks
Ce n'est pas pour cela que les petits pois des ER sont à l'agence comptable