lecture du bulletin trimestriel du droit du travail de la Cour de Cassation :

http://www.courdecassation.fr/publications_cour_26/bulletin_droit_travail_2230/bulletin_droit_travail_2009_3357/travail_1_3358/jurisprudence_3359/

"En conséquence, la Cour dit pour droit (dispositif n° 2) : "L'article
7, paragraphe 1, de la Directive 2003/88/CE doit être interprété en ce
sens qu'il s'oppose à des dispositions ou à des pratiques nationales qui
prévoient que le droit au congé annuel payé s'éteint à l'expiration de
la période de référence et/ou d'une période de report fixée par le droit
national même lorsque le travailleur a été en congé de maladie durant
tout ou partie de la période de référence et que son incapacité de
travail a perduré jusqu'à la fin de sa relation de travail, raison pour
laquelle il n'a pas pu exercer son droit au congé annuel payé".

Si les modalités d'application du droit au congé annuel payé dans les
différents États membres sont régies par les législations et/ou les
pratiques nationales, la Cour souligne néanmoins quelles sont les
limites qui s'imposent aux Etats : "s'agissant de travailleurs en
congé de maladie dûment prescrit, le droit au congé annuel payé conféré
par la Directive 2003/88/CE elle-même à tous les travailleurs (arrêt
BECTU, précité, points 52 et 53) ne peut pas être subordonné par un État
membre à l'obligation d'avoir effectivement travaillé pendant la
période de référence établie par ledit État" (point 41).

Il résulte de ce qui précède que l'article 7, paragraphe 1, de la
Directive 2003/88/CE doit être interprété en ce sens qu'il "s'oppose
à des dispositions ou à des pratiques nationales qui prévoient que le
droit au congé annuel payé s'éteint à l'expiration de la période de
référence et/ou d'une période de report fixée par le droit national même
lorsque le travailleur a été en congé de maladie durant toute la
période de référence et que son incapacité de travail a perduré jusqu'à
la fin de sa relation de travail, raison pour laquelle il n'a pas pu
exercer son droit au congé annuel payé" (point 52).

Enfin, la Cour dit pour droit que ce même article, paragraphe 2, de la
Directive "s'oppose à des dispositions ou à des pratiques nationales
qui prévoient que, lors de la fin de la relation de travail, aucune
indemnité financière de congé annuel payé non pris n'est payée au
travailleur qui a été en congé de maladie durant tout ou partie de la
période de référence et/ou d'une période de report, raison pour laquelle
il n'a pas pu exercer son droit au congé annuel payé. Pour le calcul de
ladite indemnité financière, la rémunération ordinaire du travailleur,
qui est celle qui doit être maintenue pendant la période de repos
correspondant au congé annuel payé, est également déterminante"
(dispositif, n° 3).

conclusion (si j'ai bien lu ) : un salarié en congé de maladie, qui de ce fait n'a pas pu prendre ses congés payés au cours de la période de référence, a droit à une compensation financière égale à la quotité de salaire correspondant à la fraction de congés payés non pris. Peu importe que ce salarié n'est même jamais travaillé durant la période de référence.

cas pratique : si cette lecture est bonne, un contrat aidé qui, pour maladie, n'a pas pu prendre tous ses congés payés, doit donc recevoir un complément de salaire, y compris même pour un agent qui n'a jamais travaillé, n'est-ce pas ?

faux, il ne faut pas confondre:
- dans le cas évoqué par le jugement il s'agit d'un salarié ayant effectivement ouvert un droit à congé car ayant travaillé peu ou prou, et qui n'est pas en mesure de bénéficier de ce congé payé pour cause d'arrêt de maladie régulier. Il est clair que l'indemnité pour congés payés ne peut être refusée.
- en revanche, le fait que les congés de maladie ordinaires ou non n'ouvrent pas doit à congé n'est pas évoqué dans ce jugement. Ces arrêts de maladie ne comptent donc pas pour les droits à congés payés annuels et un salarié n'ayant jamais travaillé n'a pas ouvert de droit à congé payé annuel.

C'est donc l'empêchement de prendre des congés ouverts de droit qui est jugé et non pas le principe même d'ouverture et de calcul des droits à congés.