Quels sont vos pratiques concernant l'attribution d'un marché à un fournisseur dans le cadre d'un MAPA. Comment justifiez-vous les critères retenus ? Dans la mesure où une CAO n'est pas obligatoire en dessous d'un certain seuil, comment attribuez-vous le marché ? Y-at-il une formalisation écrite de la candidature retenue ( et des autres candidatures) ? Décidez-vous seul ? Avec la PRM ?

J'aurai pû répondre rapidement sur le code 2004 ; mais pour le 2006 il me faut le temps de m'y pencher.
Cela dit voilà déjà un extrait du site sur le sujet (les ref sont celles du code 2006) :
Pour les mêmes raisons de transparence et d'égalité de traitement, les candidats dont la candidature ou l'offre a été écartée doivent en être informés. Un délai de 10 jours est prévu par l'article 80 du code entre l’information des candidats rejetés et la signature du marché ; il ne s'applique pas en principe aux marchés passés en procédure adaptée, mais il est fortement recommandé de le respecter compte tenu du risque de recours en référé administratif pour les « gros MAPA ». A noter cependant que selon l’article 83 du code 2006 : “Le pouvoir adjudicateur communique, dans un délai maximal de quinze jours à compter de la réception d'une demande écrite, à tout candidat écarté qui en fait la demande les motifs détaillés du rejet de sa candidature ou de son offre et, à tout candidat dont l'offre n'a pas été rejetée pour un motif autre que ceux mentionnés au III de l'article 53, les caractéristiques et les avantages relatifs de l'offre retenue ainsi que le nom du ou des attributaires du marché ou de l'accord-cadre”.
Il convient donc d’attendre également une dizaine de jours avant de notifier au prestataire retenu le marché en cas de contestation cat l’article 81 vous oblige à cette notification : “Sauf dans le cas de l'échange de lettres prévu au 1° du II de l'article 35, les marchés et accords-cadres d'un montant supérieur à 4 000 EUR HT sont notifiés avant tout commencement d'exécution. A l'exception du cas de l'échange de lettres, le marché ou l'accord-cadre prend effet à cette date”.
Bref, laissez un délai suffisant pour permettre aux entreprises de répondre à vos appels d’offre de MAPA, informez simplement les entreprises non retenues sans rentrer dans les détails, attendez une dizaine de jours et envoyez le bon de commande à la société retenues.
Pour le reste le pouvoir adjudicateur (la notion de PRM a disparu du nouveau code) c'est le CE ; selon la nature du MAPA, la décision peut être étudiée par le gestionnaire, le chef de travaux, le professeur, une équipe, etc.. Les critéres choisis dans l'appel d'offre sont libres, ils doivent être pondérés. Ce qu'il faut pouvoir justifier éventuellement, c'est le respect de ces critéres dans le chois de l'offre retenue.

chez nous tous les choix après appels d'offres sont écrits sur un document signé par le CE, le gestionnaire, et le chef des travaux quand il s'agit de matos technique; sur ce document est récapitulé l'objet du marché, le nombre d'offres reçues et leurs caractèristiques, et le motif pour lequel le fournisseur a été retenu.

Evidemment s'il s'agit d'une commande de prof, ou de l'infirmière, ou d'un labo ou que sais-je , l'utilisateur est associé à la décision mais ce n'est pas formalisé.