Question dont je pense connaître la réponse, mais pour plus de sécurité, petit détour par ce méga-forum:

Une famille inscrit son fils en tant que demi-pensionnaire. Pendant tout le second trimestre, le gamin ne mange que ponctuellement à la cantine.

Lors de l'envoi de la facture, la famille argue du fait que le fils connaît des problèmes médicaux l'empêchant de fréquenter régulièrement la cantine. Je demande un certificat médical pour pouvoir ouvrir droit à remise d'ordre. Point de certificat médical. Je réclame donc le paiement du trimestre complet.

Et là, à quelques heures de l'envoi du dossier en recouvrement contentieux, la famille m'envoie un certificat médical (rétroactif)m'affirmant que l'enfant ne peut fréquenter le restaurant scolaire pendant 3 mois.
Le gamin n'est plus scolarisé chez nous: je ne peux donc plus reconstater. Et en plus, la liste des ses passages au self prouve qu'il a bien fréquenté la cantine (certes de manière aléatoire) pendant la période couverte par le certificat médical.

Ai-je tort d'envoyer cette créance à l'huissier pour la totalité du trimestre ou suis-je simplement cruelle mais juste ?

certificat médical même rétroactif pour la période du trimestre fait que tu ne peut le constater en tant que DP "régulier".
par contre en tant qu'externe prenant occasionnellement des repas tu le factures au tarif "passager" au nombre réel de repas pris.

On peut toujours faire une régularisation de constatation, même manuelle (hors logiciel) ; mais dans le cas présent, je serais peu enclin à le faire. A savoir que la famille avait deux mois pour contester la créance devant le TA ; alors....