La cour des comptes est la plus haute juridiction financière. Ses jugements relèvent, en cassation, du Conseil d'Etat. C'est aussi un organisme qui rend des rapports, indépendants, sur la gestion des deniers publics par les organismes publics et assimilés.
On peut en consulter sur son site:
http://www.ccomptes.fr/fr/JF/Accueil.html
Je crois que les commissaires aux comptes sont chargés d'audit et de certification, mais ils n'ont pas de fonction juridictionnelle.
Si les rapports d'audit remis par des commissaires aux comptes peuvent ressembler formellement aux lettres d'observation sur la gestion émises par les juridictions financières (il n'y a pas que la cour des comptes, il y a aussi les chambres régionales et territoriales des comptes CRTC), ils ne concernent pas les mêmes organismes et les similitudes se limitent probablement à ces fonctions.