Ces indemnités sont effectivement liées à l'exercice effectif des fonctions d'agent comptable. Avec un intérim, il y aura passation : elles seront donc versées jusqu'à la passation. C'est donc assez simple.
Pour l'indemnité de gestion, c'est un peu plus délicat. Il n'y a pas de passation véritable. Je me demande dans quelle mesure cela n'est pas à la discrétion du recteur. Sur ce point, je pense qu'il doit certainement exister une jurisprudence quelconque ou une circulaire qui précise la chose mais je ne la connais pas. A titre indicatif, le congé maladie simple (même s'il dure longtemps) est compatible avec le versement de la prime de gestion.