Oui je suis dans un cas similaire et je me suis posée ma même question; le CFA privé a catégoriquement refusé de payer les enseignants, il le sont donc via le budget de l'établissement chaptitre spécial J81 (même si je sous-traite au GRETA voisin avec lequel j'ai une convention de prestation de paye) sur la base du décret 99-702 du 03/08/99.
Dans le cadre d'une UFA, le principe est que la responsabilité administrative et financière relève de l'organisme gestionnaire du CFA (si je comprends bien, ça veut dire que c'est eux qui rendent des comptes à la REGION, chargée de l'apprentissage).
Par contre ce qui n'est pas très clair, c'est la possibilité ou non pour le gstionnaire et le CE de percevoir l'indemnité forfaitaire spécifique, une FAQ de la DAF traite de ce point :
il semblerait que dans le cas où "l'EPLE se voit confier le budget de l'UFA pour la rémunération des agents et son fonctionnement", cette indemnité prévue dans l'art 3 du décret du 17/10/79 puisse être perçue par le CE et le gestionnaire. Enfin je ne suis pas très sûre de cette interprétation, dans le doute je ne verse AUCUNE indemnité autre que les heures supp des enseignants dans le cadre de ma convention d'apprentissage avec le CFA privé.