Une prime, c'est une rémunération accessoire qui ne peut être versée que si il y a une rémunération principale (versée par la CT, en l'espèce) à laquelle elle s'adosse : le système précédent avait donc une faille que le contrôleur financier de la CT a dû relever.
Une vacation, c'est une rémunération principale, non mensualisée, mais "à la tâche", le plus souvent à l'heure ou à la demi journée, par exemple surveillance d'examens, animation etc ... Donc on la verse à qui on veut du moment qu'il a travaillé.
Appelle les pour être sûr, mais c'est sans doute là le noeud du problème. Si ils n'avaient pas pu te verser des vacations, tu aurais sans doute dû renoncer à cette prime. C'est donc l'appellation et l'imputation qui changent, mais le reste ne devrait pas changer.
Ah si, comme c'est de la rémunération principale, tu cotises pour la retraite dessus, (à l'EN, c'est à l'Ircantec, mais dans les CT je ne sais plus) alors que tu ne le fais pas sur une prime (sauf RAFP)