Bien que cela ne concerne pas encore l'EPLE (mais ça va venir) :
Une instruction ministérielle précisant les aspects comptables et financiers des conventions de transaction vient d’être publiéeL’instruction n° 10-009-M0 du 12 avril 2010, adoptée dans le cadre de la diffusion de la circulaire du 7 septembre 2009 relative au recours à la transaction, « a pour objet de rappeler les principes généraux de la transaction [et] d’expliciter l’attitude à tenir par les comptables publics amenés à en assurer l’exécution financière ».

Les juges du fond de Marseille ont récemment validé le recours à une transaction pour résilier un
marché public de travaux devenu inopérant. Cet arrêt illustre tout l'intérêt pour les pouvoirs
adjudicateurs de penser à transiger au niveau de la phase de résiliation d'un marché.

Pour la cour administrative d'appel de Marseille, le principe même du recours à la transaction dans le cadre
d'un marché public de travaux en cours d'exécution ne peut pas être remis en cause. Comme le prévoit
l'article 2044 du Code civil, la transaction est "un contrat par lequel les parties terminent une contestation
née ou préviennent une contestation à naître". En tant que mode amiable de règlement des litiges, la
transaction est largement encouragée par l'Etat, via notamment les circulaires de 2009 et de 2011. Les autorités
et entités adjudicatrices ont donc la faculté de transiger. En ce sens, les juges concluent qu'"alors même
qu'un différend n'était pas encore né entre les parties à la date de la délibération contestée et de la transaction, la
Canca et les entreprises concernées ont pu légalement avoir recours à la transaction".

La cour vérifie ensuite la validité du protocole transactionnel, conformément aux critères jurisprudentiels
dégagés par le Conseil d'Etat. Elle rappelle que la remise "d'un dossier financier ou d'une étude d'expertise (…)
ne constitue pas une condition de validité de la transaction". Par ailleurs, le juge veille à ce qu'il y ait bien des
concessions réciproques entre les parties. La Canca s'est engagée à payer une somme correspondant d'une part,
aux prestations et travaux réalisés et, d'autre part, à l'indemnité couvrant le retard dans l'exécution. En
contrepartie, les titulaires du marché renoncent à toute réclamation ou action fondée sur l'exécution du marché
en cause. Le juge estime que les concessions n'étaient pas manifestement disproportionnées. Enfin, il rappelle
que la transaction est un contrat qui s'applique dès sa signature par les parties et en dehors d'une
homologation du juge, conformément à l'article 2052 du Code civil.

décision de la CAA Marseille n° 09MA00879
circulaire du 6 avril 2011 ici sur la transaction comme moyen pacifique de règlement des litiges

extrait d'un article lettre Localtis du 4 octobre